▶ 실험분석 서비스 문의 : 02-3141-0791, [email protected]
** Single Cell Immune Profiling Service **
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단일 세포의 해상도에서 전사체의 발현과 면역계의 세포 이질성, T 세포와 B 세포의 다양성 뿐만 아니라 항원 특이성을 동시에 확인하여 Immune system의 세포적 맥락을 파악할 수 있으며, UMAP, Feature selection, Violin Plot등의 분석과 더불어 Cell type별 clonotype 판별, TCR과 BCR에 대한 Clonotype frequency, Full-length V(D)J Gene sequences와 구성 유전자, Heavy-Light chain & α-β chain pairing 등 다양한 분석을 지원해 드리고 있습니다.
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| Sample Requirement |
Cell line : 1X106 cells in media (Cell viability > 90%)
Primary cell or FACS sorted cell : 250,000 cells in media (Cell viability > 70%) |
| Library Method |
10X Genomics Next GEM technology (5’ GEX kit + TCR/BCR amplification kit) |
| NGS Running Format |
Illumina Novaseq 6000, PE100bp |
| Data Yield+ |
5’ Gene expression library : ~50,000 reads pairs per cell
TCR/BCR V(D)J library : ~15,000 reads pairs per cell |
| Number of Target Cells |
~ 10,000 cells |
| Turnaround Time |
~4 weeks after Cell counting & QC |
| Sample Type |
Cells, Tissue++ |
+ data 생산량은 서비스 의뢰시 상담을 통해 조정이 가능합니다.
++ Tissue로 제공시 dissociation 진행을 위한 사전 상담이 필요합니다. |
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scRNA-seq Data Analysis
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이바이오젠에서는 자체 개발한 분석툴인 ExSCEA(Excel based Single Cell Expression Analysis)와 WinSeurat(Windows based Seurat)을 제공함으로써 single cell RNA-seq 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 지원하고 있습니다. 더불어 Cell QC repor를 포함한 10X genomics Cell Ranger data와 Loupe browser 를 이용한 Gene expression data, UMAP, t-SNE, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cell type annotation, Cell type별 clonotype 판별, TCR과 BCR의 Clonotype frequency, Full-length V(D)J Gene sequences와 구성 유전자, Heavy-Light chain & α-β chain pairing 등의 다양한 분석을 지원하고 있습니다.
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